A organização autárquica da Freguesia de Fafe assenta em dois órgãos fundamentais: a Junta de Freguesia e a Assembleia de Freguesia.

A Junta de Freguesia é o órgão executivo responsável pela gestão corrente da freguesia e pela prestação de serviços à população.

A Assembleia de Freguesia é o órgão deliberativo responsável pela apreciação e aprovação dos instrumentos de gestão e pela fiscalização da atividade do executivo.

Ambos os órgãos trabalham em articulação para promover o desenvolvimento da freguesia e garantir a proximidade aos cidadãos.